機場第三條跑道正進行填海工程，有環保團體質疑機管局現以機砂作為填海主要材料，對水質構成嚴重污染。機管局三跑道項目填海工程總經理李德明承認，工程現已鋪了200萬立方米的砂墊層，當中有超過九成以機砂鋪成，惟鋪砂的過程未試過有不達環評標準；若日後承建商獲批出採砂證，將會增加使用海砂比例至八成，機砂則會減少使用。
李德明又指，機管局曾派員抽查800艘運砂船，800個機砂樣本都達標。
機管局以「深層水泥拌合法」填海，以便在機場以北拓地650公頃，因填海範圍有四成海床屬污泥坑，機管局要特製25萬支水泥柱鞏固地基，目前已在海床插入1萬支，深20至40米的水泥柱。
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