「預防勝於治療」及「早期發現、早期治療」一向是牙周病治療的重點。若錯過初期的牙周病治療，後續治療將會更艱苦。而且，當牙周病邁向愈來愈嚴重的階段時，由於此時支持牙齒的骨頭已經遭受侵蝕，治療的時間必然很長，而且需要更長期的追蹤病情。牙周組織有如地基，流失之後就沒有了，我們所能做的，只是穩住現有的地基，讓它不要繼續惡化下去。
大部分牙周病初期至中期的病人接受深層牙根刮治後，並持之以恆地使用正確的潔牙方法，堅持定期覆診檢查、洗牙以清理牙表面的新形成的牙石，便可有效地維護牙周健康。但是，如屬牙周病中晚期的患者，或經過深層牙根刮治後仍存在5毫米以上的深牙周袋，並伴有牙齦出血，就需要考慮翻瓣清創手術，在局部麻醉下將牙肉翻開後，於可直視的情況下，將牙根表面的牙結石及發炎組織徹底地清除，之後再進行傷口縫合。
若臨床條件許可，在打開牙肉時可植入人工骨粉或再生膜等生物材料於骨缺損的部分，從而誘導牙周細胞的再生，修復先前受損的齒槽骨，使功能減退的牙齒，回復其穩定度及支持力。這種手術被稱為引導組織再生手術，目的是促進牙槽骨再生，比起單靠清創後自然修復，通常情況下可獲得更好的治療效果。但需注意並非所有骨缺損都可進行修補，骨缺損形態是否合適放置再生材料是影響再生手術可能性及效果的因素。
如果患者本身有個別牙齒已嚴重受損，牙周組織已流失殆盡，將不能保證完成牙周治療後那些本身已存在嚴重問題的牙齒永遠不會脫落。有些時候，醫生或會建議病人將患齒拔除，為的是避免周圍組織進一步被破壞，而且考慮到手術成功率及牙齒的預測壽命，脫牙可能會是較實際的選項。
當治療完成後，醫生會判斷病人是否可以進入維護期，視乎每位病人的個別情況，醫生會制定病人的覆診時間。一般在剛完成治療的三個月內覆診，等狀況都穩定之後，可能就改為每半年或一年覆診即可。而當牙周健康理想，如病人希望對牙肉外觀加以修復時，可再讓醫生評估可否進行牙齦修補術。
牙周病患者日常要維持高標準的口腔衛生，並需要以決心與耐心來配合治療。要緊記牙周病治療需要醫生與病人一同合作處理，而且與其他慢性病一樣，並沒有痊愈一說，只有病情受控。一旦鬆懈，疏於護理，便會發現又重回往日牙周病的足跡了。