A型肉毒桿菌素最為人所熟知的固然是在醫學美容上的除皺功效，但很多人卻並不知道，當初醫學界原本是利用肉毒桿菌素暫時麻痺肌肉神經的特性來治療疾病。
事實上，A型肉毒桿菌素在臨床上的醫療應用可說是相當廣泛，它可用以治療與肌張力障礙相關的疾病，即患者肌肉會不由自主地持續收縮，引起肌肉變形或痙攣，包括改善斜視和眼瞼痙攣、頸部痙攣、以及因大腦麻痺等所引起的肢體痙攣等。此外A型肉毒桿菌素也能治療因膀胱過度活躍症(overactive bladder)所導致的尿失禁問題，以及治療嚴重的原發性腋窩多汗症，改善出汗問題，對於舒緩偏頭痛亦有一定的幫助。
不過，由於A型肉毒桿菌素的療效並非永久性，大部分用家尤其應用在醫療上，都需要長時間重複注射，才能控制病情及維持效果，而A型肉毒桿菌素製劑內的複合性蛋白會有機會令身體產生抗體，從而令療效下降甚至失效。故此，選擇一些經移除複合性蛋白的製劑，便可以減少身體產生抗體的機會，並能長時間確保療效。