當有外物進入身體，免疫系統能辨認出它並不屬於自己，這是由於這些物質表面上攜帶着和身體不同的抗原(Antigen)。
免疫系統透過不同機制清除病毒，其中最重要的是由B細胞產生抗體(Antibody)。我們可想像冠狀病毒如球體上插滿不同顏色的大頭針，他們代表病毒表面的不同蛋白結構，透過辨認這些蛋白，免疫系統能產生抗體予以攻擊。其中最重要的蛋白是棘突蛋白(Spike protein)，目前新冠疫苗的原理也是主要針對此蛋白。它有如鎖匙，插入ACE2受體後，便能打開並進入細胞。疫苗是透過安全注入免疫原(Immunogen)，訓練免疫系統辨認冠狀病毒。
疫苗有不同製作方法。第一種是滅活疫苗(Inactivated vaccine)，這是真病毒但已透過熱力、化學物質或輻射方法消滅，所以只有外殼而不存在毒性，為傳統的疫苗製造方法。第二種是病毒載體疫苗(Viral vector vaccine)，把新冠病毒的一段基因取出放在腺病毒上，這些特製的腺病毒並不能在身體複製和致病，但可將新冠病毒基因帶入身體，製造棘突蛋白，刺激身體產生抗體。第三種是信使核糖核酸(mRNA)疫苗，mRNA如製作說明書，進入免疫細胞，製造棘突蛋白並將它顯示在其表面，刺激免疫系統，就像自然感染新冠病毒時情況一樣，但不會致病。香港將會引入以上三種疫苗，目前臨床數據證實有效，短期嚴重副作用風險不高。