除了要注意個人衛生，遇上嚴重的暗瘡可能需要使用藥物。治療暗瘡的藥物可分為外敷及口服，一般輕度暗瘡使用外敷藥物已足夠，而較嚴重暗瘡需使用口服藥物。
較常用的外用藥膏，有抗生素、維他命A酸等。要留意維他命A酸藥膏會令皮膚乾燥，使用時要留意保濕。至於口服藥方面，最常用是抗生素，如四環素。它的原理是減少毛囊裡細菌的數目，並有消炎作用。雖然我們只看到表面的丘疹和膿頭，但其實看不見的皮膚底層，亦可能正在發炎，所以一般治療需服用抗生素達數個月之久，若太早停藥未必能夠完全消除炎症，而且增加暗瘡復發的風險。
遇上較嚴重的暗瘡，便可能需要維他命A衍生物，療程一般為4至8個月。維他命A衍生物能減少油脂分泌及粉刺形成，具消炎和抗菌的功效，有效治療暗瘡和減少暗瘡復發的風險。維他命A衍生物的副作用包括令皮膚、嘴巴及眼睛乾燥，亦有可能影響血脂和肝酵素。所以服用前後需定期驗血，若身體不適合的話絕對不能服用。另外，要留意維他命A衍生物會引致畸胎，女士絕對不能在懷孕期間服用。
總括而言，每個人的暗瘡情況不同，醫生會根據病人情況訂下最好的個人化治療。不過要留意治療暗瘡一定要有耐性，潔膚要持之而行才可減低暗瘡復發的風險。