日航客機降落東京羽田機場跑道與海上保安廳定翼機相撞起火事故，海保廳飛機事發時為何在跑道範圍內是調查重點之一。有傳媒拍到海保機滑行到跑道內一處地方後停下，約40秒後與剛降落的日航客機相撞。機場通話紀錄顯示，控制塔指示海保機到跑道旁位置等候，但未有批准其進入跑道，懷疑機長可能誤認該停靠的位置或聽錯指示，而控制塔與日航3名機師均未有發現跑道上有海保機，最終兩機發生相撞。
國土交通省周三公開事發前控制塔與兩機機長的通話紀錄，顯示事發前4分鐘，即當日下午5時43分，控制塔指示日航客機繼續接近跑道，並告知有一架飛機準備起飛，約2分鐘後，控制塔再指示日航客機可著陸，同時指示海上保安廳飛機滑行至跑道旁的停靠點「C5」，未有批准其進入跑道。受重傷的海保機機長事後對警方稱，事發前收到空管人員允許起飛的指示，其說法與通話紀錄有出入。機長並說，見到機尾突然起火才知道發生事故。
海保機疑進入跑道後停下
日本新聞網(JNN)拍攝到海保機事發前朝著跑道滑行的畫面，可見該機滑行到看似跑道內的地方後停下，約40秒後跟剛降落的日航客機發生碰撞並引發大火。根據通話紀錄，海保機機長在事發前2分鐘曾匯報控制塔，正朝跑道停靠點「C5」滑行，傳媒猜測機長可能誤認飛機該停靠的位置而進入跑道。
通話紀錄中並沒指示日航客機重新降落，反映空管人員可能未有發現海保機進入跑道範圍。對此國土交通省消息指，如果發現已發出著陸許可的跑道上有其他飛機，空管人員一般都會採取措施應對。日航則表示，3名機師稱接近跑道時，看不到前方有海保廳飛機，所以當時沒考慮重新著陸，直至碰撞前一刻才看到前方有物體。日航表示，暫不清楚3名機師為何沒看到定翼機。
國土交通省轄下的運輸安全委員會與東京警視廳正調查事故原因，將聚焦海保機機長有否徹底按照控制塔指示，在跑道旁位置等候，待日航客機降落後才進入跑道。
此外，日航公布客機疏散細節，指事發時機艙後段的內部通話設備故障，空服員無法聯絡駕駛艙，便自行決定打開緊急出口艙門，引導乘客逃生，機長是最後一人離開，而從飛機著陸後至全員撤離歷時18分鐘。
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