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「港區國安法」草案的說明提到行政長官可指定若干法官審理國安案件引起爭議。大律師公會副主席葉巧琦在一個電台節目表示，根據《基本法》規定，特首根據獨立委員會推薦委任法官，從來沒有權指定法官或者法官清單，不論特首指定法官還是指定一份法官名單，都屬於一種篩選。葉巧琦又表示，「港區國安法」實施後，特首作為維護國家安全委員會主席，一方面要維護司法獨立，另一方面受中央監督和問責，如果特首有權指定法官，明顯是角色衝突。
葉巧琦補充，現時本港各級法庭主要領導，一般根據法官專長和經驗委派法官審案，有關工作不是由特首負責，她建議按照終審法院前首席法官李國能的意見，在「港區國安法」條例中加入規定，要求特首根據司法人員推薦委員會的推薦來委任法官。
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