腦癌屬較少見的癌症，其中包括多種不同毒性的「惡性膠質瘤」(Malignant glioma)；極高毒性的膠質瘤預後極差，可迅速奪命。
腦組織亦有淋巴細胞，癌變後可轉化成「原發性腦淋巴癌」(Primary brain lymphoma)，一般高毒性，包括「彌漫大B細胞淋巴癌」(Diffuse large B cell lymphoma)；愛滋病患者易患腦淋巴癌，必須小心。
源發自其他器官組織的淋巴癌亦有可能擴散至中央神經系統，「腦膜」(Meninges)容易受影響，尤其「淋巴母細胞淋巴瘤」(Lymphoblastic lymphoma)及c-myc基因出現突變的「彌漫大B細胞淋巴癌」；源自「鼻竇」(Nasal sinuse)及「睾丸」(Testis)的高毒性淋巴癌，亦較容易入侵中央神經系統。
大腦中央神經系統有保護罩，一般藥物難以滲透；常用的化療藥物大多難以「入腦」，因此療效欠理想。治療腦淋巴癌可利用高劑量的「甲氨蝶呤」(Methotrexate)加「亞葉酸」(Folinic acid)作「解毒劑」(Antidote)，或大劑量的「阿糖胞苷」(Cytosine arabinoside)，可有效滲透中央神經系統，療效較理想。治療B細胞淋巴癌，一般會同時加入標靶藥「利妥昔單抗」(Rituximab)；年輕患者可考慮接受自體血幹細胞移植手術(Autologous perpheral blood stem cell transplant)，手術前加入大劑量化療藥物「硫戊二烯」(Thiotepa)，效果更佳。其他治療方法還有PDL1抗體免疫治療，誘發自身T細胞抗癌。為避免損害腦神經細胞，除非沒有其他更好選擇，應盡量避免放射治療。