新空管系統自啟用以來多次出現「鬼機」及「航機消失」等情況，民航處長李天柱早前表示，已於3月20日安裝由雷神提供的新程式，上述問題「已大致解決」。
不過，傳真社(FactWire)綜合多名民航處員工提供的資料，新程式自3月安裝至今情況未有明顯改善，衝突警告多次發出誤鳴，其間至少發生兩次航機飛行間距不足事故，民航處一直未有公布。
其中一次於4月21日，在香港國際機場東南約50浬，由越南河內飛往台北的VN578，以及由海南三亞飛往南京的3U8845，兩架航機在3.1萬呎高空，平面距離只有3.5浬、垂直距離約700呎。而在本月10日，在機場東面約120浬，由香港飛往上海的CX50，及由南韓首爾飛往香港的KE313，兩架航機在2萬9千呎高空，最近只有3.2浬平面距離、500呎垂直距離。上述航機未能維持平面距離至少5浬及垂直距離至少1,000呎，違反國際民航組織的安全標準。
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