現時由紅磡開往廣州東的直通車，「特等」及「一等」票價分別為250元及210元，較高鐵的260元便宜。不過，實政圓桌立法會議員田北辰稱，直通車駛往的廣州東站，屬於廣州市區核心，至於高鐵的廣州南站並非屬市中心，相信乘客會考慮以目的地作選搭，兩者客源未必重疊。
他又說，由西九到福田站乘搭高鐵需時15分鐘，票價80元，較現時所需乘車時間節省1小時，認為票價合理，相信高鐵會搶港鐵落馬洲支綫的客源。民建聯陳恒鑌希望高鐵的長途車費更具吸引力，若定價太高，擔心高鐵競爭力打折扣。
中港澳直通巴士聯會秘書長陳宗彝稱，高鐵的票價較預期高，直通巴客源主要是以長者和年輕人為主，而高鐵則針對商務旅客，相信對直通巴生意不會有太大影響。
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