來到最後一期,壓軸出場的「二號神樹底座」是不可錯過的展品。目前三星堆已發現最少六棵神樹,它們既在三星堆社會和祭祀儀式中有重要地位,亦展現了古蜀人奇特的想像力。此器物為神樹的底座和部分焊連的樹幹。底座呈山形,或象徵神樹立在神山。座圈的方台上有跪坐人像,其中一個保存相對完好的小人像,其雙臂環繞胸前,兩手中空,意味本來手握禮器。
香港故宮文化博物館助理研究員王聖雨表示,該神樹於1986年出土,屬國家一級文物,器物的其他部分如枝幹、小鳥均已經在不同的祭祀坑裡找到。至於一號神樹已於2002年完成修復,前後共花了約十年,是首批禁止出境展示的文物。對於「樹」在當時的象徵意義,王聖雨指,可能當時在古蜀人的精神信仰中,樹佔重要一席位;亦有可能當時樹木是較為重要的資源。