抗磷脂綜合症(APS)可導致反覆流產，亦增加其他懷孕的併發症。每百位孕婦便有一位經歷反覆流產，這是指三次或以上的流產。當中至少一至兩成與APS有關。這亦是反覆流產最常見並可以治療的原因。若孕婦得到準確的診斷和治療，成功率會由20%提升至80%。
抗磷脂抗體會令血液容易凝固，形成血栓，導致流產。因此治療APS要利用藥物減低血液凝固的風險，例如阿士匹靈和薄血藥。由於一般口服薄血藥例如華法林，會導致畸胎，所以孕婦必須使用皮下注射的薄血藥，較常用的有低分子量肝素。由於此藥會增加流血風險，亦可導致骨質疏鬆和誘發血小板減少症，所以須小心使用。
APS患者的流產通常在12周或之前發生，這是由於抗磷脂抗體影響受精卵著床，並抑制胚胎細胞成長。然而，第一妊娠期流產並不罕見，亦可由其他不同原因導致，例如基因變異和染色體問題等。而第二和第三妊娠期流產則較為罕見。在這個時期，抗磷脂抗體會導致胎盤的血管中形成血塊，影響養分和氧氣給胎兒的輸送，導致生長緩慢甚至死亡。如果母親有抗磷脂綜合症，胎兒大概有一至三成機率宮內生長受限。此外，抗磷脂抗體亦會增加妊娠毒血症風險。
抗磷脂綜合症和反覆流產