扁桃腺位於口腔內部，要張開嘴巴，用電筒照入去才看得到一部分。喉嚨的扁桃腺和頸外的淋巴系統基本上連成一線，同是頭頸部免疫系統相當重要的成員。當扁桃腺遭受感染，頸外的淋巴結也會一同發脹發痛，因此不少人會搞亂兩個組織。簡單來說，扁桃腺位於上游，頸外淋巴結是匯聚而成的下游，上游的扁桃腺發炎會伴隨淋巴結發炎，但作為下游的淋巴結發炎卻不一定由於扁桃腺發炎。
完整的扁桃腺系統是一個環狀的免疫組織，包括一個咽扁桃體(或叫腺樣體)在鼻咽頂部，用來保護鼻竇。兩個管扁桃體一左一右，負責看守兩條耳管出口，一個舌扁桃體在舌頭後方，這幾組扁桃體都不是一般人直接可以觀察到的。至於那兩個位於喉嚨左右、自己照鏡也看得到的，也是最廣為人知、最常令人喉嚨痛的扁桃體，正式的名稱是腭扁桃體。
其實不少人在青春期過後，這些淋巴組織會萎縮，因此造成的困擾其實不算很大。始終淋巴組織就如哨站，多些士兵駐紮自然更安全。幾十年前「割扁桃腺」頗為普遍，現在因為藥物治療效果顯著，亦因為對免疫系統多了認識，一般的想法都是盡量保留扁桃腺，只需要處理那些偶而出現的不適便可。下篇再論。