感染衣原體的人士中，半數男士和八成女士沒有症狀，但衣原體會引發其他身體健康問題。
在男士，衣原體可以從尿道向上爬，引致副睾炎、前列腺炎。
在女性，衣原體最常引發的病症包括：
1. 盆腔炎，可致長期盆腔疼痛
2. 不育
3. 大部分的宮外孕
此外，可引發肝周炎。症狀是右上腹疼痛，而痛楚會在病人移動時增加。
病發的原理，是病菌從陰道向上爬，經過子宮、輸卵管，跑到盆腔，引發盆腔炎，再由盆腔向上腹蔓延，在肝的表面引發肝臟周邊炎。過程與淋病相若。
如果婦女在懷孕時受感染，可引致流產、早產，以及嬰兒出生體重過低的問題。
倘若孕婦經陰道生產，嬰兒更可能從母親陰道感染衣原體，令眼睛患上結膜炎，有可能失明。
此外，有一個特別的症狀，在性病中只有衣原體才會引發的，就是反應性關節炎(Reiter Syndrome)，也稱為賴特氏症候群。
所謂反應性關節炎，是由細菌引發的身體免疫反應而出現的關節痛，尤其是下肢關節，例如：腳眼、膝蓋等。疼痛並非源自細菌，而是來自免疫系統。
衣原體是可引發此症的細菌之一，通常在感染後的二至四星期出現。由於症狀與性病無直接關係，也不是只有衣原體才可引發此症，因此，醫生需要抽絲剝繭，才可找到真正的致病源頭。
(性病的疑慮之九)