新冠肺炎康復者部分感到關節肌肉痛。當中少數是由於病毒感染擾亂免疫系統，誘發反應性和自身免疫相關的發炎性關節炎。較多的是病毒感染的後遺症，亦即Long COVID或長期COVID。
外國文獻報道，三成的新冠康復者受影響。一些統計指出，達五成人疲倦，三成人關節和肌肉痛楚無力。此外，六至八成康復者有頭痛、腦霧、不能集中精神和記憶力下降等。這些病徵維持多達3至6個月，有些人甚至更長。中年女性受影響風險較高。這些情況在學童也會出現，英國的研究指出，核酸陽性的兒童多一倍機率患長期COVID，長遠影響有待觀察。醫學界目前並未找到原因，估計可能與免疫系統紊亂或病毒本身的長期影響有關。
新冠康復者如感到關節痛，需留意有否發炎病徵，例如關節有晨早僵硬和紅腫痛熱等情況。關節發炎可能未必與新冠肺炎有關，但亦可以由新冠病毒激發，需要進一步檢查和治療，方法和類風濕性關節炎相似。
要預防長期COVID的有效方法是透過疫苗接種減低感染可能。若受感染，疫苗亦能減低Long COVID一半的風險。疫苗接種者若不幸受感染，身體的病毒量和發炎程度亦大幅降低。