據目前科學所知，一些自身免疫病，例如系統性紅斑狼瘡，是由某些病毒感染激發而導致。新冠病毒似乎也有這個可能。
我們的免疫系統B和T淋巴白血球像身體裡的士兵，懂得分辨自己人和外敵。然而，某些病毒會擾亂這個機制。例如某部分的病毒分子結構與身體的正常蛋白相似，淋巴細胞便有可能認錯自己人為敵人。另外，病毒感染會導致器官和細胞受損，從而釋出自身蛋白，淋巴細胞有時會以為這些自身蛋白是外來物予以攻擊。例如EBV病毒已經證實和系統性紅斑狼瘡有關，EBV病毒蛋白與身體的DNA結合後影響周邊基因的表現，引發紅斑狼瘡。
自新冠肺炎爆發，極小部分受新冠病毒感染的病人發展出不同的自身免疫病，包括吉巴氏綜合症(GBS)，即免疫系統攻擊神經線導致手腳麻痺無力。而不同報告顯示，新冠病毒有可能誘發不同的自身抗體，並導致以下的疾病：系統性紅斑狼瘡、類風濕性關節炎、免疫性血小板減少症、自身免疫性溶血性貧血等。研究亦發現一半受新冠病毒嚴重感染患者的血液中偵測到自身抗體，較正常人的15%為高。而在小朋友，新冠病毒亦有可能激發多系統炎症綜合症。
至於新冠肺炎會否導致自身免疫病的整體病發率增加，尚待觀察。